O Museu de São Roque foi um dos primeiros museus de arte a serem criados em Portugal. Abriu ao público em 11 de janeiro de 1905, com a designação de Museu do Thesouro da Capela de São João Baptista, em evocação da importante coleção de arte italiana que esteve na origem da sua criação.
Ocupa a área central do edifício da antiga casa professa da Companhia de Jesus, espaço residencial contíguo a uma das mais importantes obras de arquitetura religiosa portuguesa e uma das três mais antigas igrejas da Companhia de Jesus em Portugal: a Igreja de São Roque, inaugurada em 1573. Trata-se de um monumento classificado como património nacional, que mantém a sua integridade no que respeita ao traçado arquitetónico, património integrado e móvel.
Em 1768, após a expulsão dos jesuítas de Portugal, a Igreja e a antiga Casa Professa de São Roque foram doadas com todos os seus bens à Santa Casa da Misericórdia de Lisboa, que os preservou até ao presente.
O conjunto reúne um acervo que se destaca pela qualidade e diversidade das suas coleções artísticas, oferecendo aos visitantes uma incursão pelos mais importantes momentos da história e da história da arte portuguesas.